背景簡介
TMT?（Tandem Mass Tag?）技術(shù)是由美國Thermo Scientific公司研發(fā)的一種多肽體外標(biāo)記技術(shù)。該技術(shù)采用10種同位素的標(biāo)簽，通過特異性標(biāo)記蛋白多肽N末端或賴氨酸側(cè)鏈基團(tuán)，而后進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，可同時(shí)比較10組不同樣品中蛋白質(zhì)的相對(duì)含量。TMT技術(shù)是常用的差異蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，在疾病標(biāo)記物篩選、藥物作用靶點(diǎn)、動(dòng)植物抗病/抗脅迫機(jī)制、動(dòng)植物發(fā)育分化機(jī)理等領(lǐng)域都有廣泛應(yīng)用。
技術(shù)優(yōu)勢
靈敏度高：低豐度蛋白也能檢測出
適用范圍廣：幾乎可對(duì)任何物種的各類蛋白質(zhì)進(jìn)行分離鑒定
高通量：能同時(shí)對(duì)10組樣本中包含的蛋白進(jìn)行鑒定及表達(dá)差異分析
高效：液相色譜與串聯(lián)質(zhì)譜連用，自動(dòng)化操作，分析速度快，分離效果好
技術(shù)路線
分析內(nèi)容
樣本類型
細(xì)胞，組織，尿液，全血，血清，血漿，總蛋白等
建議總蛋白起始量（單次）：≥ 500 μg，濃度≥1μg/μL
Q1：iTRAQ及TMT等標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組技術(shù)有什么特點(diǎn)？
A：iTRAQ以及TMT等標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組技術(shù)分辨率高，細(xì)胞樣品最多可鑒定超過6000個(gè)蛋白，并且絕大多數(shù)蛋白都有定量和定性信息；其次是通量高，可以一次最多完成8個(gè)（iTRAQ）或者10個(gè)（TMT）樣品的實(shí)驗(yàn)，特別適合于多組樣品間的同時(shí)比較以及生物學(xué)過程的動(dòng)態(tài)檢測。
Q2：沒有全基因組數(shù)據(jù)的物種該如何進(jìn)行蛋白的鑒定？
A：對(duì)于已經(jīng)公布全基因組序列的物種，可以在得到全序列后構(gòu)建本地建庫并進(jìn)行本地檢索；對(duì)于未進(jìn)行全基因組測序的物種，可以采用近緣物種的數(shù)據(jù)庫或者EST數(shù)據(jù)以及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索。
環(huán)境溫度升高對(duì)微生物群落的影響
研究背景
全球溫度升高會(huì)對(duì)微生物群落造成影響，進(jìn)而直接影響全球生態(tài)系統(tǒng)?？茖W(xué)家們在溫度對(duì)微生物群落的群落結(jié)構(gòu)和特定的代謝過程做了許多研究，而較少使用組學(xué)手段對(duì)整個(gè)群落的反應(yīng)做出全面的評(píng)估。
研究內(nèi)容
本文首次將TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)應(yīng)用在微生物群落研究上，精確地和可重復(fù)地在40℃、43℃和46℃三個(gè)溫度條件下定量到上千個(gè)微生物蛋白質(zhì)。作者發(fā)現(xiàn)，溫度升高會(huì)引起單個(gè)微生物和整個(gè)群落的氨基酸代謝相關(guān)蛋白質(zhì)上調(diào)，并抑制兩類螺菌屬微生物的固碳蛋白表達(dá)，然而在高溫下第三類螺菌屬微生物固碳蛋白則顯著上調(diào)。
研究結(jié)果
定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可以用于群落微生物研究，能鑒定到與代謝、生長、信號(hào)與壓力反應(yīng)等過程相關(guān)的上千個(gè)差異表達(dá)蛋白，并在生態(tài)群落中對(duì)單個(gè)微生物組實(shí)現(xiàn)定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究。
參考文獻(xiàn)
Mosier A C, Li Z, Thomas B C, et al. Elevated t emperature alt ers proteomic responses of ind ividual organisms within a bio film community. The ISME journal. 9:180-194 (2015). (IF: 9.328)
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