簡(jiǎn)化基因組測(cè)序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是對(duì)部分基因組進(jìn)行序列測(cè)定。它是指利用生物信息學(xué)方法，設(shè)計(jì)標(biāo)記開(kāi)發(fā)方案，富集特異性長(zhǎng)度片段，應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)獲得海量標(biāo)簽序列來(lái)代表目標(biāo)物種全基因組信息的測(cè)序方法。
方案靈活：可根據(jù)每個(gè)客戶(hù)的研究目標(biāo)和內(nèi)容靈活定制研究方案
重復(fù)性高：不經(jīng)過(guò)片段大小選擇，技術(shù)重復(fù)度好
數(shù)據(jù)可信度高：基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML，有效去除重復(fù)序列對(duì)分型的干擾
細(xì)胞，動(dòng)植物組織，血液，總DNA等
建議總DNA起始量＞20 μg，濃度＞100 ng/μl，
OD260/280介于1.8-2.0之間，并確保DNA無(wú)降解。
A：高密度SNPs標(biāo)記開(kāi)發(fā)的基本條件和設(shè)計(jì)理念是所獲得的片段盡量在基因組上分布均勻，通過(guò)測(cè)定少量代表全基因組信息的序列獲得的成千上萬(wàn)SNPs標(biāo)記。首先要利用生物信息學(xué)方法對(duì)目標(biāo)物種參考基因組（或已知BAC序列）進(jìn)行系統(tǒng)分析，根據(jù)基因組GC含量、重復(fù)序列情況和基因特點(diǎn)等信息，選擇相應(yīng)的限制性酶以及測(cè)序文庫(kù)類(lèi)型，以保證分子標(biāo)記的密度、均勻性、效率滿足遺傳分析和分子育種的需要。
A：簡(jiǎn)化基因組測(cè)序常用測(cè)序文庫(kù)類(lèi)型可以歸納為3個(gè)大類(lèi)：①簡(jiǎn)化測(cè)序，包括簡(jiǎn)化文庫(kù)（reduced-representation libraries，RRLs）和簡(jiǎn)化多態(tài)序列復(fù)雜性（complexity reduction of polymorphic sequences，CroPS）；②限制性酶切位點(diǎn)關(guān)聯(lián)DNA測(cè)序（restriction-site-associated DNA sequencing，RAD-seq）；③低覆蓋基因分型文庫(kù)，包括多元鳥(niǎo)槍法基因分型（multiplexed shotgun genotyping，MSG）和基于測(cè)序的基因分型（genotyping by sequencing，GBS）。
茄子是第三個(gè)最重要的茄科作物（僅次于馬鈴薯和番茄），在2010年全球產(chǎn)量為41.8 Mt，是中東、東非、南亞地區(qū)和歐洲南部的重要蔬菜。通過(guò)遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱(chēng)為遺傳連鎖圖譜。遺傳連鎖圖譜是定位和分析植物和動(dòng)物的復(fù)雜性狀的重要資源。
利用Illumina的高通量測(cè)序平臺(tái)，采用限制性酶切DNA（RAD）技術(shù)，對(duì)茄子進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性（SNP）的開(kāi)發(fā)，完成其遺傳圖譜的構(gòu)建，并對(duì)花青素苷呈色性狀的數(shù)量性狀位點(diǎn)（QTL）進(jìn)行定位。
在茄子基因組上共發(fā)現(xiàn)了347個(gè)新的SNP標(biāo)記和84個(gè)錨定標(biāo)記，用431個(gè)標(biāo)記中的415個(gè)標(biāo)記構(gòu)建了相應(yīng)的茄子遺傳連鎖圖譜。圖譜跨越的總遺傳距離為1390 cM，包含了12個(gè)連鎖群。并據(jù)此對(duì)花青素苷呈色性狀進(jìn)行了相應(yīng)的定位。結(jié)果顯示其與七個(gè)性狀相關(guān)，每個(gè)性狀分別受一至六個(gè)數(shù)量性狀位點(diǎn)（QTL）控制，并且其中至少有一個(gè)QTL起著主要作用。
Lorenzo Barchi, et al. A RAD Tag Derived Marker Based Eggplant Linkage Map and the Location of QTLs Determining Anthocyanin Pigmentation. PLoS One, 2012, 7 (8) : e43740.
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