背景簡介
基因表達譜分析是研究基因功能的基礎。利用基因表達譜芯片對不同發(fā)育時期或是不同處理條件下的樣品展開分析，可以廣泛快速可靠地篩選出差異表達基因，展開功能和通路分析。使用芯片進行基因表達譜分析已成為生理調控、生物標記、疾病機理和藥物篩選等領域廣泛采用的檢測手段。聯(lián)川生物為用戶提供基于穩(wěn)定的Agilent芯片平臺的基因表達譜檢測
技術優(yōu)勢
探針特異性 & 靈敏度高：絕大多數(shù)探針都經過實驗驗證程序檢驗和優(yōu)化，充分保證探針的特異性和靈敏度。
芯片檢測一致性高：具有極高的檢測重復性，充分保證檢測結果的準確性和一致性。
芯片更新靈活：探針序列設計基于RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 等知名數(shù)據(jù)庫，充分代表基因和轉錄本信息。
芯片平臺可靠：芯片平臺均經過大量實驗數(shù)據(jù)的驗證，是分析基因表達譜高效可靠的工具。
技術路線
芯片信息
分析內容
樣本類型
細胞，組織，全血，血清，血漿，總RNA等
建議總RNA起始量（單次）：≥ 1μg，濃度：≥50 ng/μL
近期用戶文章
1.tong Q, et al. (2016) LincRNA-Cox2 modulates TNF-a–induced transcription of Il12b gene in intestinal epithelial cells through regulation of Mi-2/NuRD mediated epigenetic histone modifications. FASEB J, 30, 1187-1197 .
2. Guoku Hu,et al.（2016）LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling. The Journal of Immunology. 196 (6) :2799.
3. Feng J, Dai Z, Zhang Y, Meng L, Ye J, Ma X. (2015) Alteration of Gene Expression Profile in Kidney of Spontaneously Hypertensive Rats Treated with Protein Hydrolysate of Blue Mussel (Mytilus edulis) by DNA Microarray Analysis. PLoS ONE 10(10), e0142016.
4. Michael Zorniak, Paul A. Clark, John S. Kuo. (2014) Myelin-forming cell-specific cadherin-19 is a marker for minimally infiltrative glioblastoma stem-like cells. Journal of Neurosurgery. ePub ahead of print doi: 10.3171/2014.9.JNS132373.
5. Baulch JE, Aypar U, Waters KM, Yang AJ, Morgan WF. (2014) Genetic and Epigenetic Changes in Chromosomally Stable and Unstable Progeny of Irradiated Cells. PLoS ONE 9(9).
6. Kamal MM, Sathyan P, Singh SK, Zinn PO, Marisetty AL, Liang S, Gumin J, El-Mesallamy HO, Suki D, Colman H. (2012) REST regulates oncogenic properties of glioblastoma stem cells. Stem Cells 30(3), 405-414.
7. Thomas SN, Waters KM, Morgan WF, Yang AJ, Baulch JE. (2012) Quantitative Proteomic Analysis of Mitochondrial Proteins Reveals Pro-Survival Mechanisms in the Perpetuation of Radiation Induced Genomic Instability. Free Radical Biology and Medicine 53(3
Q1：做一張表達譜芯片的RNA量需要多少？
A：Agilent芯片需要的最低RNA量為200 ng，但由于質檢會耗損一定的RNA，以及實驗結果如果不理想需要重復等原因，一般建議提供1 μg的total RNA的量。
Q2：定量驗證所用的樣品和芯片檢測的不一致，定量結果與芯片不一致，該怎么解釋？
A：如果是這種情況，那么定量驗證結果和芯片不一致可能是因為樣品本身的差異造成的。芯片篩選畢竟是針對少量樣品檢測的結果，如果要準確檢測的話，是需要放大樣品量進行驗證的。
Q3：做完表達譜芯片后，在眾多的差異基因中如何確定后期研究目標？
A：一般情況下有幾個原則可以參考：
a.單純從數(shù)據(jù)角度而言，F(xiàn)C最大、P value最小可為后期研究目標；
b.結合課題組的研究方向和進展，挑選自己研究相關的通路基因；
c.結合其他科研工作者的研究論文，排除已研究透徹基因。
研究背景
基因間長鏈非編碼RNA（lincRNAs）是長鏈非編碼轉錄本（>200 nt），位于蛋白質注釋編碼基因的間隔區(qū)。 最近的研究表明，lincRNA-Cox2可以介導先天免疫細胞中不同類免疫基因的活化和抑制。
研究結果
本研究中，研究人員報道lincRNA-Cox2位于1號染色體上PG-內過氧化物合酶2（Ptgs2/ Cox2）基因的近端，是小鼠巨噬細胞中受NF-κB信號控制的早期炎癥基因。在功能上，lincRNACox2是在細菌LPS刺激下，受NF-κB調節(jié)的晚期炎癥反應基因轉錄所必需的。具體地，lincRNA-Cox2在LPS刺激后，在細胞中被組裝進SWI/SNF復合物中。這會導致lincRNA-Cox2/SWI/SNF復合物可以調節(jié)NF-κB亞基組裝到SWI/SNF復合物中，最終，調節(jié)巨噬細胞中SWI/SNF相關的染色質重塑和晚期炎性應答的基因的反式激活，以應對微生物的挑戰(zhàn)。
圖 LPS刺激下BV2細胞或巨噬細胞中l(wèi)incRNAs的表達
參考文獻
Guoku Hu,et al. LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling. The Journal of Immunology, 2016
差異顯著表達的基因上下調頻數(shù)統(tǒng)計柱狀圖用于統(tǒng)計差異基因數(shù)目。
差異表達基因分析用火山圖可以直觀展示差異表達基因的整體分布情況。以log2(foldchange)為橫坐標，-log10(pvalue)為縱坐標，對差異表達分析中所有的基因繪制火山圖。 其中橫坐標代表基因在不同樣本中差異表達倍數(shù)變化；縱坐標代表基因表達量變化差異的統(tǒng)計學顯著性。
箱線圖
箱線圖是利用數(shù)據(jù)中的五個統(tǒng)計量：最小值、第一四分位數(shù)(25%)、中位數(shù)(50%)、第三四分 位數(shù)(75%)和最大值來描述數(shù)據(jù)的一種方法，它也可以粗略地看出數(shù)據(jù)是否具有對稱性，分布的分散程度等信息。
